отфильтровать таблицу sqlite

SELECT table1.name FROM table1 WHERE table1.name
NOT IN
(SELECT table2.name FROM table2 UNION SELECT table3.name FROM table3)

Можно воспользоваться оператором EXCEPT:

Пример:

t1

sqlite> select * from t1;
name
----------
name1
name2
name3
name4
name5

t2

sqlite> select * from t2;
name
----------
name1
name3

t3

sqlite> select * from t3;
name
----------
name5
name1

Запрос:

sqlite> select name from t1
   ...> except
   ...> select name from t2
   ...> except
   ...> select name from t3;
name
----------
name2
name4

Попробуйте так :

SELECT table1.name FROM table1 WHERE table1.name
NOT IN
(SELECT table2.name FROM table2) AND table1.name
NOT IN (SELECT table3.name FROM table3)

Ну попробуйте ещё так:

SELECT table1.name 
FROM table1 
LEFT JOIN table2 ON table1.name=table2.name
LEFT JOIN table3 ON table1.name=table3.name
WHERE table2.name IS NULL
  AND table3.name IS NULL

Хорошо, если name в каждой из таблиц индексировано. Совсем хорошо, если оно ещё и уникально.