Помогите с запросом в базу

Для этого используйте IN (val1,val2,...)

 mysql_query('UPDATE `users` SET `str` = "'.($user['str'] + $bonus_param[$clan_altar['level']]).'",
                                `vit` = "'.($user['vit'] + $bonus_param[$clan_altar['level']]).'",
                                `def` = "'.($user['def'] + $bonus_param[$clan_altar['level']]).'" WHERE `clan` IN ('.$id_array.')');

$id_array - массив с id юзеров, просто для примера написал

Примерно так:

mysql_query('UPDATE `users` SET `str` = str + '.$bonus_param[$clan_altar['level']]).'
WHERE `clan` = "'.$clan['id'].'"');