чистка проекта в линукс. configure automake

Не знаю как назвать тему вопроса. В anjuta создаю проект на gtk. В каталоге проекта создаётся файлы. Они находятся в первозданном виде. Это autogen.sh Makefile.am Makefile.in. Но после сборки проекта, появляются файлы configure и каталог autom4te.cache. Что с ними делать. Пробывал make dist clean, но толку нет. Как перевести этот каталог в первозданный вид?