!file.eof() что происходит на последней итерации? [дубликат]

Не делайте так: while (!file.eof())

Эта проверка сработает только после неудачного чтения за концом файла.

А вы здесь

file >> p1.x >> p1.y;
MyVector.push_back(p1);

удачность чтения не проверяете...

Ну, раз @ixSci настаивает... [Менторским тоном] - надо вот так:

while (file >> p1.x >> p1.y)
{
    MyVector.push_back(p1);
    cout << p1.x << " " << p1.y<<endl;
}