Глобальный хук на мышь

1. Для того, чтобы хуки группы ..._LL работали (например WH_MOUSE_LL), ваш процесс должен обрабатывать очередь сообщений

   myHook = SetWindowsHookEx(WH_MOUSE_LL, LowLevelMouseProc, 0, 0);    
   MSG msg;
   while(GetMessage(&msg, NULL, 0, 0) > 0)
   {
     TranslateMessage(&msg);
     DispatchMessage(&msg);
   }
   UnhookWindowsHookEx(myHook);
   

2. Прекратите указывать hInstance в вызове SetWindowsHookEx. В документации ясно сказано, что если обработчик хука находится в текущем процессе, то этот параметр должен быть NULL.

3. Что такое

   if (wParam >= 0)
   

   ? WPARAM - беззнаковый тип и такое сравнение бессмысленно. Скорее имелось в виду

   if (nCode >= 0)
   

   ибо при отрицательном nCode вы обязаны сразу вызвать CallNextHookEx.

Как уже указал Ant, у вас нету обработчика сообщений, ниже пример где цикл обработки вынесен в поток

#include "stdafx.h"
#include "stdio.h"
#include "Windows.h"
HHOOK hMouseHook;
LRESULT CALLBACK LowLevelMouseProc(int nCode, WPARAM wParam, LPARAM lParam)
{
    MOUSEHOOKSTRUCT* pMouseStruct = (MOUSEHOOKSTRUCT*)lParam;
    if (pMouseStruct != NULL)
    {
        if (wParam == WM_LBUTTONDOWN)
        {
            printf("clicked");
        }
        printf("Mouse position X = %d  Mouse Position Y = %d\n", pMouseStruct->pt.x, pMouseStruct->pt.y);
    }
    return CallNextHookEx(hMouseHook, nCode, wParam, lParam);
}
DWORD WINAPI MyMouseLogger(LPVOID lpParm)
{
    hMouseHook = SetWindowsHookEx(WH_MOUSE_LL, LowLevelMouseProc, NULL, 0);
    MSG message;
    while (GetMessage(&message, NULL, 0, 0) > 0)
    {
        TranslateMessage(&message);
        DispatchMessage(&message);
    }
    UnhookWindowsHookEx(hMouseHook);
    return 0;
}
int main(int argc, char** argv)
{
    HANDLE hThread = NULL;
    hThread = CreateThread(NULL, 0, MyMouseLogger, NULL, 0, NULL);
    if (hThread != NULL )
        return WaitForSingleObject(hThread, INFINITE);
    else
        return 1;
}