Как указать входные файлы?

У меня несколько каталогов с кодом и нужно сделать документацию на Doxygen в общем я создал Doxyfile в meson.build в одной папке с Doxifile прописал :

doxyfile = configuration_data()
doxyfile.set('OUTPUT_DIRECTORY', meson.build_root()) 
configure_file(input: 'Doxyfile.in', output: 'Doxyfile',
    configuration: doxyfile) 
doxygen = find_program('doxygen')
if doxygen.found() # ninja doc генерирует документацию
    run_target('doc', command: [doxygen,
        join_paths(meson.build_root(), 'Doxyfile')]) 
endif

в Doxyfile добавил:

PROJECT_NAME = "My Project"
OUTPUT_DIRECTORY = @OUTPUT_DIRECTORY@

html папка билдится index.html присутсвует, вот только нет файлов которые я прокоментировал! Они появляются только в случае, если в Doxyfile прописать прямой путь к файлу:

INPUT = src/myproject/MyVector/MyVector.hh

Соответсвенно при таком действии я не смогу задействовать комментривание остальных файлов. Кто нибудь может помочь разобраться с этой бедой?

Репа на гите, мб так легче будет понят в чем проблема.