Как вывести двумерный массив корректно?

Можно пойти еще проще, и не ставить условный оператор if в цикл, а запустить 2 цикла.

    for (int i = 0; i < n; i+=2) {
        for (int j = 0; j < n; j++) {
            A[j][i] = j + i*n;
        }
    }
    for (int i = 1; i < n; i+=2) {
        for (int j = 0; j < n; j++) {
            A[j][i] = (i + 1) * n - j - 1;
        }
    }

А можно без умножений

    int num = 0;
    int d = 1;
    int j = 0;
    for (int i = 0; i < n; ++i) {
        for (;j >= 0 && j < n; j+=d) {
            A[j][i] = num++;
        }
        d = -d;
        j += d;
    }

Есть третий вариант

    int i = 0;
    for (int j = 0; j < n; ++j) {
        A[j][i] = j;
    }
    ++i;
    int num = n;
    for (int j = n-1; j >= 0; --j) {
        A[j][i] = num++;
    }
    for (i = 2; i < n; ++i) {
        for (int j = 0; j < n; ++j) {
            A[j][i] = A[j][i-2] + num;
        }
    }