Реверсия массива

Во-первых, вы считываете данные из файла и записываете их в массив не заботясь о выходе за пределы массива. Во-вторых, зачем вы переварачиваете массив? Вам же нужно просто записать его в обратном порядке.

Хочу предложить, как мне кажется, более красивое решение (за исключением того, что оно не подойдет для огромных файлов, так как я, как и вы в вашем коде, считываю данные полностью):

// main.cpp
#include <cstdlib>
#include <fstream>
#include <iostream>
#include <iterator>
int main(int argc, char *argv[]) {
  if (argc != 3) {
    std::cerr << "you must set input and output filenames" << std::endl;
    return EXIT_FAILURE;
  }
  std::string input  = argv[1];
  std::string output = argv[2];
  std::ifstream fin{input, std::ios_base::in};
  if (!fin.is_open()) {
    std::cerr << "file cant not be opened" << std::endl;
    return EXIT_FAILURE;
  }
  std::string str{std::istreambuf_iterator<char>{fin},
                  std::istreambuf_iterator<char>{}};
  std::ofstream fout{output, std::ios_base::out};
  if (!fout.is_open()) {
    std::cerr << "can not open out file" << std::endl;
    return EXIT_FAILURE;
  }
  std::copy(str.rbegin(), str.rend(), std::ostreambuf_iterator<char>{fout});
  return EXIT_SUCCESS;
}

ch[i - 1 - j] должно быть. Поэтому первый элемент не инициализируется - инициализируется последний плюс один элемент. У вас сдвиг вправо.