Скомпилировать dll в Сlion под ubuntu

Какая связь между dll и Ubuntu ?! У Вас что - кросс-компиляция предполагается? Или Вы имеете в виду so ?

Если всё-таки речь идёт о создании разделяемой библиотеки для Linux (любого, а не только Ubuntu) с помощью cmake, то опять-же, библиотеку создаёт не cmake (и уж тем более - не Clion) а линкер. Задание линкеру, на создание разделяемой библиотеки, которое будет выполнять cmake выглядит приблизительно так:

cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
project(my_so)
# Собираем библиотеку
add_library(my_so SHARED
   src1.cpp
   src2.cpp
   . . .
   srcN.cpp
)

Есть очень хорошая книжка про cmake: "СИСТЕМА ПОСТРОЕНИЯ ПРОЕКТОВ CMAKE", Д. В. ДУБРОВ