Скрыть консоль без использования FreeConsole()

Ну для начала вы можете и не создавать консоль используя только функцию winmain

В случае если у вас Visual Studio, в настройках линковки Project->Properties->Linker->System->Subsystem указываете подсистему Windows (/SUBSYSTEM:WINDOWS). Консоль исчезла, а нагрузка будет минимальная.

Если нужно временно скрыть или отобразить консоль, можно использовать следующие функции:

#include <Windows.h>
void HideConsole()
{
    ::ShowWindow(::GetConsoleWindow(), SW_HIDE);
}
void ShowConsole()
{
    ::ShowWindow(::GetConsoleWindow(), SW_SHOW);
}    

Источник: C++ How do I hide a console window on startup? - ответ nikau6