Каждые 6 секунд получаю данные с АЦП через COMPORT. Как по-вашему лучше (правильнее) оформить: через поток или через компонент Timer прямо в основной программе? Или это примерно одно и то же?
Нет, это не одно и то же. Любые операции, требующие задержки, лучше размещать в отдельном потоке, чтобы не было зависаний пользовательского интерфейса. А работа с com-портом однозначно требует задержки независимо от того, сам АЦП выплёвывает данные через каждые 6 секунд, или вы опрашиваете его каждые 6 секунд.
Сборка персонального компьютера от Artline: умный выбор для современных пользователей