Все числа, содержащиеся в обоих файлах одновременно, удалить из первого

Ну, что-то такого вида:

int main(int argc, const char * argv[])
{
    {
        ofstream out1("file1");
        for(int i = 0; i < 500; ++i) out1 << rand() << "\n";
        ofstream out2("file2");
        for(int i = 0; i < 500; ++i) out2 << rand() << "\n";
    }
    vector<int> s1, s2, s3;
    {
        int n;
        ifstream in1("file1");
        while(in1 >> n) s1.push_back(n);
        ifstream in2("file2");
        while(in2 >> n) s2.push_back(n);
    }
    sort(s1.begin(),s1.end());
    sort(s2.begin(),s2.end());
    set_difference(s1.begin(),s1.end(),s2.begin(),s2.end(),back_inserter(s3));
    {
        ofstream out("file3");
        for(int n: s3) out << n << "\n";
    }
}