C#. Почему в Концепции DDD описывают работу с абстрактным репозиторием только в типах AgregationRoot?

Прежде всего, ещё раз взгляните на сценарии использования вашей программы. Возможно, дома в вашей предметной не являются частью компании, а отдельными сущностями, своими собственными агрегатами.

Агрегат это составной объект. Например, в интернет-магазине агрегатом может быть сущность заказ, в которой есть отдельные товарные позиции, которые без заказа бесполезны. Косвенно вложенность товарных позиций подтверждают сценарии использования и соответствующие им экранные формы. Есть форма редактирования заказа в которой представлены все товарные позиции, но нет формы редактирования отдельной товарной позиции.

Если в вашей программы есть формы редактирования отдельного дома без всякой связи с компанией, значит, дом это выделенный корень агрегации.

Агрегаты могут ссылаться друг на друга, но только через идентификаторы. Содержать друг друга они не могут.

DTO из репозиториев возвращать не надо. Обычно, DTO формируются где-то вне предметной области для связи с другими слоями приложения. В самой предметной области у вас только сущности и объекты-значения, объединённые в агрегаты.

По поводу лишней операции чтения при добавлении нового дома. DDD это не про оптимизацию, а про упрощение архитектуры, упрощение кода и упрощение сопровождения. В DDD репозитории читают из базы не часть сущности, и не просто сущность, а все связанные сущности, объединённые в агрегат.

Велика ли потеря скорости? Нет. Есть такой паттерн, Remote Façade, описанный Фаулером. Основанием для его использования является особенность загрузки данных с удалённых компьютеров, а именно наличие так называемой задержки. При установке соединения с сервером мы тратим небольшое время, а после того, как соединение установлено, можем получать данные на большой скорости. Поэтому полезно читать чуть больше данных, чем нам может быть нужно, это будет быстрее, чем прочитать два или три раза ровно столько данных, сколько нам нужно.

Кроме того, если мы захотим перейти с реляционного хранения на документное, интерфейсы репозиториев не изменятся, слой предметной области вообще не придётся менять. Поэтому не бойтесь лишних чтений.

В EF для подгрузки связанных данных используется метод Include. Предположим, что всё-таки дома это часть компаний. Тогда при загрузке компаний нужно загрузить связанные дома:

public class CompanyRepository
{
    private readonly DbContextFactory dbContextFactory;
    private readonly DataMapper dataMapper;
    . . .
    public Company GetById(long id)
    {
        using (var dbContext = dbContextFactory.Create())
        {
            var companyData = dbContext.Companies
                                       .Include(x => x.Houses)
                                       .SingleOrDefault(x => x.Id == id);
            var company = dataMapper.FromData(companyData);
            return company;
        }
    }
}

Благодаря методу Include из базы будет загружена не только компания, но и дома, которые к ней приписаны. В этом коде видно, что мы загружаем DTO и отдаём их в объект DataMapper, который строит из них агрегат целиком, включая сущности House внутри Company.

Вы неправильно поняли идею с корнем агрегации и остальными сущностями.

Если сущность может существовать без корня - она сама корень.

Если дома могут существовать без компании - они тоже корни.

Пример корня на вашей предметке:

Этажи дома - должны принадлежать корню дом. Жители квартир могут быть как дочерними сущностями (если важен только факт их наличия например), так и корнями, если вы с ними например работаете как то сложнее.

Дочернюю сущность можно делать аналогично DTO - буквально сам факт наличия дочерней и в ней ссылка на другой корень. Т.е. компания (root) - оцениваемые дома (child), где структура типа child содержит буквально ссылку на дом и возможно id для хранения в базе. Потом в такой child можно добавлять примечания, какие то оценки мб, что угодно. К дому они при этом явно не относятся.

Условно:

class Company
{
  List<CompanyHouse> Houses
}
class CompanyHouse
{
  House
  Note
}
class House
{ ... }