Использование ссылок в BundleConfig

Скорее нет, чем да.

Посмотрите код System.Web.Optimization. У ScriptBundle и StyleBundle есть перегрузка, которая принимает не только virtualPath, но и cdnPath (путь не на локальной файловой системе, а в интернете).

public StyleBundle(string virtualPath)
/// <summary>Initializes a new instance of the <see cref="T:System.Web.Optimization.StyleBundle" /> class with virtual path and CDN path for the bundle. </summary>
/// <param name="virtualPath">A virtual path for the bundle.</param>
/// <param name="cdnPath">A CDN path for the bundle.</param>
public StyleBundle(string virtualPath, string cdnPath)

Это не совсем то, что вы спрашиваете, это для работы с CDN. При этом в debug у вас будет использоваться локальный файл, а в release - из интернета.

Если же файлы расположены ТОЛЬКО в интернете, то вам лучше обойтись без механизма BundleConfig и располагать ссылки прямо в коде, например, как в этом ответе.