Изменение sprite (наложение, вычитание) в runtime

Нашел решение: отрисовка будет не SpriteRenderer-ом, а через Plane.

1. Создаем RenderTexture

2. Создаем камеру Orthographic camera (подстраиваем размеры под область холста)

3. Устанавливаем RenderTexture на камеру в Target Texture (изображение с камеры передается на эту текстуру)

4. Задаем камере Clear Flags Depth only (изображение не очищается, остается след от текстур попавших в камеру)

5. Выставляем камере CullingMask на 1 новый слой (например mypaint)

После этих манипуляций в поле зрения этой камеры, в слое mypaint можно создавать кисти и перемещать их, будет изменятся RenderTexture. Для отображения изменений необходимо создать новый материал и повешать на него эту текстуру. А сам материал на plane.

Это реализовано наложение. Вычитание реализуется изменением шейдера материала.

вот тут подробно: https://www.youtube.com/watch?v=PNAvNeOTnSE