Изменить данные XML файла

Можно парсить xml и менять значения, подробнее в этом вопросе.

Если же необходимо работать с большим количеством данных, то можно использовать сериализацию. Для начала на сайте нужно получить версию ваших данных в виде программных сущностный языка C#. Для этого можно воспользоваться этим сайтом Xml2CSharp (или аналогом); классы можно описать и самому.

Получиться что-то на подобие такого:

[XmlRoot(ElementName="day1")]
public class Day1 {
    [XmlElement(ElementName="pushUps")]
    public string PushUps { get; set; }
    [XmlElement(ElementName="pullUps")]
    public string PullUps { get; set; }
    [XmlElement(ElementName="pullUpsBar")]
    public string PullUpsBar { get; set; }
}
[XmlRoot(ElementName="plan")]
public class Plan {
    [XmlElement(ElementName="day1")]
    public Day1 Day1 { get; set; }
}

Тип string можно поменять, например, на int.

Сериализация и десериализация:

Plan plan;
XmlSerializer formatter = new XmlSerializer(typeof(Plan));
using (FileStream fs = new FileStream("data.xml", FileMode.OpenOrCreate))
{
    plan = (Plan)formatter.Deserialize(fs);
}
plan.Day1.PullUps += 2;
plan.Day1.PullUpsBar += 2;
plan.Day1.PushUps += 2;
using (FileStream fs = new FileStream("data.xml", FileMode.OpenOrCreate))
{
    formatter.Serialize(fs, plan);
}