Как менять Location List<Point> Location.X Location.Y?

Наверняка тип Point у вас является структурой (значимым типом). Например, System.Drawing.Point.

Если бы это был ссылочный тип (класс), то следующий код работал бы:

Ellipse[i].Y++;

Но значимые типы копируются по значению, поэтому при обращении к коллекции Ellipse[i] вы получаете копию структуры.

Соответственно, изменив копию, нужно записать её на прежнее место. Выглядит это примерно так:

var point = Ellipse[i];
point.Y++;
Ellipse[i] = point;