Как обновить Модель Entity при изменении структуры БД

В Entity можно создать инициализатор БД. В вашем случае надо использовать класс DropCreateDatabaseIfModelChanges.

class CustomInitializer : DropCreateDatabaseIfModelChanges<DBContext>
{
    protected override void Seed(DBContext db)
    {
        //ваш код
    }
}

В конструкторе контекста прописываете:

static DBContext()
{
    Database.SetInitializer<DBContext>(new CustomInitializer());
}

Данные в этом случае будут утеряны.