Как определить что программа запущена в первый раз?

Правильный путь для этого — Settings ([1], [2]).

Пропишите настройку типа bool в User Scope с именем IsFirstRun и значением true.

В коде программы, в начале, пропишите:

bool isFirstRun = Properties.Settings.Default.IsFirstRun;
if (isFirstRun)
{
    Properties.Settings.Default.IsFirstRun = false;
    Properties.Settings.Default.Save();
}

Всё!

Без использования настроек сделать это можно, но вам придётся по сути делать то же самое, только вручную. Не изобретайте велосипед.

Если вы хотите бороться против злонамеренного пользователя на его компьютере, считайте, что вы проиграли до начала битвы. Пользователь на своей машине может вообще всё. Он может запустить ваш код под отладчиком и обратить вашу логику проверок. Он может запустить вас в виртуальной машине. Он может декомпилировать ваш код, убрать проверки, и подменить модуль.