Как присвоить родителю объект в Unity?

Если использовать ваш же код, то вот так:

GameObject.Find("Main Camera").transform.SetParent(GameObject.Find("Player").transform);

Но сам GameObject.Find желательно использовать, как можно реже. Лучше дайте скрипту прямые ссылки, либо, хотя бы, кешируйте (т.е. назначайте найденный файл в перменную, чтобы потом ещё раз не искать его через Find). т.е. выйдет что-то вроде этого:

var _camera = GameObject.Find("Main Camera");   
var _player = GameObject.Find("Player");   
_camera.transform.SetParet(null);
_camera.transform.SetParet(_player.transform);