Как установить один exe файл из другого в C#

1. Добавляете ехе-файл к проекту оконного приложения.
2. Смотрите свойства ехе-файла в Solution Explorer, меняете Build Action на Embedded Resource.

Следующий код для оконного приложения:

byte[] bytes;
// извлекаем embed resource в массив байт
using (var stream = Assembly.GetExecutingAssembly().GetManifestResourceStream("WindowApp.EmbedExe.exe"))
using (var ms = new MemoryStream())
{
    stream.CopyTo(ms);
    bytes = ms.ToArray();
}
// загружаем сборку
var asm = Assembly.Load(bytes);
// запускаем метод точки входа с параметром null
asm.EntryPoint.Invoke(null, new object[] { null });

В вашем случае ресурс будет иметь другое имя, поправите под себя. Что бы посмотреть список имен всех ресурсов, можете вызвать:

Assembly.GetExecutingAssembly().GetManifestResourceNames()