Множество переменных или один большой массив?

Переменна - отдельная единица информации несущая определенный контекст. Массив - "коллекция" или объединение элементов или последовательность (зачастую по соображениям или умыслу) которые необходимо хранить либо рядом либо связанными в зависимости от решаемой задачи или использованию данных.

Теперь Вы можете Сами решить - если присутствует логика что данные как-то связаны (например показания датчика с временным интервалом, или данные для вывода в столбец GUI) то наверное коллеция или массив лучшее решение для их хранения.

Если это отдельно взятые константы или magic числа или просто переменные (объединять в один массив данные о кол-ве использований чего-то и и числа которое можно использовать для вывода кода ошибки в которой поучаствовали злые силы 666) объединять в массив наверное смысла 0.

Представим себе 1000 переменных типа Int(связанных логически между собой).

И представим себе массив на 1000 элементов.

1. массивом удобнее пользоватся. Ведь проще обращатся к любому элементу по индексу, чем запоминать названия 1000 переменных
2. массив оптимальнее расходует память (хотя с современными ресурсами это не проблема). Тебе не нужно хранить 1000 адресов памяти, тебе нужно запомнить 1 адрес памяти на первый элемент что бы обратится к любому элементу массива. Для того что бы обратится к 10тому элементу ты обращаешся к 1вому + сдвиг в памяти на 10 размеров Int.