MSSQL инкремент значения

Для обновления одной записи никакая транзакция не нужна: EF умеет использовать оптимистическую блокировку для той же цели.

Если вы используете Core First - можно отметить свойство атрибутом [ConcurrencyCheck]. В таком случае EF при каждом обновлении записи будет дополнительно проверять что значение соответствующего атрибута в базе не изменилось.

Также можно добавить в модель свойство отмеченное атрибутом [Timestamp] типа byte[] если база данных поддерживает тип данных rowversion или его аналог. Отличие Timestamp от ConcurrencyCheck - в том, что ConcurrencyCheck только проверяется, а Timestamp еще и автоматически обновляется при любом изменении записи.

[Timestamp]
public byte[] RowVersion { get; set; }

В любом случае, какой бы из двух способов вы не выбрали - вы получите DbUpdateConcurrencyException если кто-то поменяет значение в базе пока вы собирались его сохранять. После этого можно будет попытаться увеличить счетчик еще раз.

Но самый нормальный способ - конечно же делать это средствами базы. EF не предоставляет способа делать это через Linq - поэтому надо использовать SQL-запрос:

db.Database.ExecuteSqlCommand("UPDATE Updates SET download_counter = download_counter + 1 WHERE Id = @p0", id);

Если есть желание изолировать вышележащие слои от SQL-кода - можно добавить этот запрос как метод контексту:

public void IncrementDownloadCounter(int id) 
{
    if (Database.ExecuteSqlCommand("UPDATE Updates SET download_counter = download_counter + 1 WHERE Id = @p0", id) == 0)
    {
        throw что-нибудь;
    }
}