Несколько OnTriggerExit за кадр

Всё оказалось намного прозаичнее. У меня в одном скрипте объект регистрировался, добавлялся в пул и удалялся из пула при покидании триггера. И удалялся, как раз, последний зарегистрированный, так как удалял его той же переменной, что и добавлял... невнимательность))

Возможно, часть объектов успевает проскочить между тактами физики. Попробуйте переставить у объектов в Rigidbody параметр Collision Detection с Discrete на Continuous Dynamic. Это плохое с точки зрения производительности решение, но если заработает - будете знать где искать проблему.