Остановка стороннего метода по таймеру c#

Если исходников метода у вас нет — никак. Вы не можете остановить чужой код.

Правильная имплементация отмены задания — кооперативная: код, который вы хотите остановить, должен сотрудничать. Если вы прервёте его каким-то образом, то в лучшем случае вы оставите его структуры данных в неконсистентном состоянии, а в худшем — прервёте выполнение нативного кода в состоянии заблокированного heap lock'а.

Если библиотека не сотрудничает, не используйте её или потребуйте/попросите у авторов законную возможность управления отменой.

Вы, конечно, можете запустить сторонний метод в соседнем потоке, и по окончанию срока ожидания просто плюнуть на этот код и позволить ему дальше бежать, игнорируя результат. Это, понятно, далеко не самый лучший дизайн: вы блокируете поток надолго ради одной короткой операции.

Привожу

Намного удобнее составлять композиции асинхронных операций посредством Taskов. Поэтому, посмотрите, есть ли у api Вашей сторонней библиотеки поддержка Taskов?

Если да, то Ваш ответ в этих строчках

    static void Main(string[] args)
    {
        CancellationTokenSource cts = new CancellationTokenSource();
        cts.CancelAfter(100);//отменяет задачу после указанного числа миллисекунд
        var res = TaskWrap(cts.Token);//функции с поддержками тасков обычно имеют перегрузку с CancellationToken
        Console.WriteLine(res.Result);
    }

Если же api сторонней библиотеки не поддерживает Taskи, то надо обернуть колбэк ответа в TaskCompletionSource и продолжить работу с таском

    static Task<string> TaskWrap(CancellationToken ct)
    {
        TaskCompletionSource<string> tcs = new TaskCompletionSource<string>();
        ct.Register(()=> {/* остановить загрузку, чтоб данные больше приходили, если это возможно*/ tcs.SetException(new TimeoutException()); });
        YourFunctionCallback(answer => tcs.SetResult(answer));
        return tcs.Task;
    }