PictureBox находится над другим PictureBox

У тебя есть 2 обьекта описанных Rectangle (прямоугольником). Это значит что тебе нужно сделать простенькую проверку

Метод будет приблизительно таким:

bool RectContains(Rectangle R1, Rectangle R2)
{
    if (   (R2.x+R2.width) < (R1.x+R1.width)
        && (R2.x) > (R1.x)
        && (R2.y) > (R1.y)
        && (R2.y+R2.height) < (R1.y+R1.height)
        )
    {
        return true;
    }
    else
    {
        return false;
    }
}

(код не проверял)

Ну и любую картинку можно описать как Rectangle. То есть точка левого верхнего угла + ширина и высота прямоугольника.

Ну а дальше делай проверку каждые 50 мс(например), если

if( RectContains(R1, R2) )
{
     PictureBox2.Destroy(); //ну или визибл = фалс
}