Поиск ID выбранных элементов

Возможно я неправильно понял вопрос, но CheckedComboBox.CheckedItems вернет список значений Вашего класса. Соответственно, и ID и наименование («значение») будут доступны.

Например, у Вас есть класс:

class CCBoxItem
{
    public int ID { get; set; }
    public string Name{get;set;}
    public CCBoxItem(int id, string name)
    {
        Name = name;
        ID = id;
    }
}

Вы загружаете список ID-Name из БД, затем добавляете их в CheckedComboBox:

List<CCBoxItem> items = //загрузка из БД
ccb.Items.AddRange(items.ToArray());
ccb.DisplayMember = "Name";
ccb.ValueSeparator = ", ";

После того как пользователь что-нибудь выбрал, обращаетесь к CheckedItems и получаете то, что Вам нужно:

foreach (CCBoxItem item in ccb.CheckedItems)
{
    //хотите ID
    Console.WriteLine(item.ID);
    //хотите Name
    Console.WriteLine(item.Name);
}