Поворот объекта через transform.Rotate

Update

1. Оказывается, автору нужно вращать RigidBody, а не Transform
2. Видимо, под "вращение по оси y" автор имел в виду "вращение по оси x", т.е. в плоскости yz

Получаем вектор между вращающимся объектом и "целью" и передаем его в Quaternion.LookRotation(Vector3).

Поскольку нужно вращаться относительно оси Y, нужно оставить y составляющую вектора нетронутой, т.е. присвоить ей значение вращающегося объекта.

public class Rotator : MonoBehaviour {
    public GameObject target;
    Rigidbody rb;
    void Awake() {
        rb = GetComponent<Rigidbody>();
    }
    void FixedUpdate() {
        Vector3 yz_targetPos = target.transform.position;
        yz_targetPos.x = rb.position.x;
        rb.rotation = Quaternion.LookRotation(yz_targetPos - rb.position);
    }
}