Скрыть панель при нажатии за пределами этой панели

Оп-па! Кто бы мог предположить?

Свойство класса System.Windows.Forms.Control

public bool Capture { get; set; }

https://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.windows.forms.control.capture(v=vs.110).aspx

When a control has captured the mouse, it receives mouse input whether or not the cursor is within its borders.

После того, как элемент управления захватил мышь, он получает события мыши независимо от того, находится ли мышь внутри или вне этого контрола.

Назначаете panel.Capture = true; и в обработчике MouseDown этой панели проверяете координаты в аргументе события мыши - MouseEventArgs.