создать объект с вложенными классами

class Parameters
{
    public class UserParameters
    {
        string testUserParameters;
    }
    public class AllPrameters
    {
        string testAllParameters;
    }
}

class Test
{
    static void x()
    {          
        Parameters g = new Parameters();        
    }         
}

Вы подклассы описали, но и только, сами то их как члены класса объявите хотя бы для начала:

class Parameters
{
   public class UserParameters
   {   
      string testUserParameters;
   }
    public class AllPrameters
    {
       string testAllParameters;
    }
    public UserParameters up;
    public AllPrameters ap;
}

У членов ваших вложенных классов не выставлены модификаторы видимости. То есть по умолчанию они private. Соответственно вы не можете обращаться к этим членам извне, в том числе и из внешнего класса Parameters (внешний класс не имеет доступа к приватным членам внутреннего, тогда как внутренний может обращаться к закрытым членам внешнего класса).

А вообще возникает вопрос необходимости вложенных классов в данном случае. Вложенные классы - это довольно специфическая сущность, и реальная необходимость в них возникает нечасто. Попробуйте сами себе ответить на вопрос: что именно в вашем случае можно реализовать (или проще реализовать) с помощью вложенных классов, но нельзя с помощью обычных, не вложенных? Подозреваю, что ничего

Не совсем понимаю зачем делать вложенные классы, точнее какую выгоду вы от этого получите.

В вашем случае я бы сделал так :

public class UserParameters
{
    public string testUserParameters { get; set; }
}
public class AllPrameters
{
    public string testAllParameters { get; set; }
}
public class Parameters
{
    public Parameters()
    {
        userParameters = new UserParameters();
        allPrameters = new AllPrameters();
    }
    public UserParameters userParameters;
    public AllPrameters allPrameters;
}

//вызов

Parameters g = new Parameters();
g.userParameters.testUserParameters = "test";

Вы говорите про список, не подойдет ли вам IDictionary? То есть пары имя/значение для параметров.

class Parameters {
    IDictionary<string, string> _userParameters;
    IDictionary<string, string> _allParameters;
    //...
}

UPD:

Во-первых, сейчас у вас нет списков.

Во-вторых, зачем вам внутренние классы? Их обычно используют для сокрытия каких-то сервисных типов внутри публичного типа. Если нужна аггрегация, то это делается иначе - через членство экземпляров одного типа в другом. (это не JavaScript)

В-третьих, нет прямой зависимости "один тип - один файл", родственность для (де)сериализации выражается через аггрегацию.

class A { }
class B { }
class C {
    public A a { get; set; }
    public B b { get; set; }
}
var jsonData = File.ReadAllText("myFile.json");
var c = JsonConvert.DeserializeObject<C>(jsonData);