Включение программы через время

Если я вас правильно понимаю, вам нужно что то вроде :

    private void button1_Click(object sender, EventArgs e)
    {
        if (checkedListBox1.Text.Count() > 0) 
        {
            string check = checkedListBox1.Text.ToString();
            switch (check) 
            {
                case "1 час": timer1.Interval = 360000;
                    break;
                case "30 сек": timer1.Interval = 30000;
                    break;
                case "45 сек": timer1.Interval = 45000;
                    break;
            }
            timer1.Start();
        }
    }
    private void timer1_Tick(object sender, EventArgs e)
    {
        Application.Exit();    
    }
    private void button2_Click(object sender, EventArgs e)
    {
        timer1.Stop();
    }