Что дает наличие transform: translateZ(0) scale(1, 1) в body

Без минимального, самодостаточного и воспроизводимого примера вашей конкретной ошибки сложно сказать наверняка.

Обычно translateZ(0) прописывают для того, чтобы отрисовать элементы в GPU еще до того, как анимация началась, чтобы анимация была плавной, без дерганий. tranform не перерисовывает объект, он работают напрямую с GPU памятью, которая использует аппаратное ускорение.

scale(1, 1) увеличивает содержимое блока в 110% от нормы. Скорее всего именно поэтому вы не видите некоторые бордеры, границы содержимого. Ведь они больше ширины блока на 10% и скорее всего просто в него не влезли. Можете попробовать прописать принудительно overflow. Возможно у вас что-то наподобие вот этого:

div { 
  height: 50px; 
  margin: 20px; 
  border: 5px solid red; 
  transform: translateZ(0) scale(1.1); 
} 
 
.one { 
  overflow: hidden 
} 
 
.two { 
  overflow:auto 
} 
 
.three { 
  overflow: visible; 
} 
 
span { 
  height: 50px; 
  display: block; 
  border: 5px solid green; 
}

<div class=one><span>1</span></div> 
<div class=two><span>2</span></div> 
<div class=three><span>3</span></div>