Цвет лого как цвет фона

Пожалуй «дырявый логотип» это самый простой вариант. Остальные варианты попахивают теми ещё извращениями:

Если цвета фона постоянны (не зависят от контента) то можно вручную сопоставить нужные цвета с соответствующими значениями window.pageYOffset например.

Или определять какой элемент находится в нужной части экрана (не подскажу как именно это делать) и считывать его background-color.