Bootstrap и Media запросы

Все зависит от ТЗ. Если у вас макет от дизайнера, который не имеет представления о принципах бутсрапа, а от заказчика требование, чтобы верстка была строго pixel peffect, то тогда в некоторых случаях без дополнительно прописанных стилей не обойтись. А будут ли эти стили с использованием media? - Уже не особо важно. Главное, делайте код ваших стилей читаемым, пишите все медиа последовательно по размерам в одном месте.

Другое дело, когда есть возможность в бутсрапе делить на соответствующее количество колонок, показывать или прятать элементы, делать резиновыми фото и таблицы - всё это для разных экранов. Когда эти возможности верстальщик не использует, а лепит свои стили, вот это уже не верный подход. Ведь зачем тогда вообще грузить бутстрап, если его не использовать и нагружать страницу еще дополнительным кодом.

Подводя итог, кастомизация медиа зависит от конкретного случая и она вполне себе нормальное обычное явление, при условии, если этого же эффекта нельзя добиться готовыми решениями текущей библиотеки.