HTML в PHP или наоборот?

У меня происходит генерация странички сайта с помощью информации из базы данных. Изначально я создавал шаблон и пробные варианты фронт-энда и когда наконец дизайн готов пришло время к серверной составляющей. Тут у меня и вопрос.

Как правильнее будет сделать: переименовать index.html в index.php и делать в него вставки(include) нужных динамически генерируемых модулей или наоборот, то есть в index.php будут одни вставки модулей, в которых уже в перемешку будет идти и дизайн и генерация контента? Вопрос не только что лучше, но и почему?

Я никогда не понимал как стоит вести структуру веб-сайта и у меня постоянно были какие-то перемешивания стилей что доводило до того что я уже терялся в структуре проекта. Пришло время разобраться.