JS Автообновление диалога

Вот тут вы вызываете msgUpd с аргументом '<?=$conv['id']?>':

onclick="msgUpd('<?=$conv['id']?>');"

Могу предположить, что этот вызов работает.

А в setInterval вы передаете вашу функцию msgUpd без аргументов:

setInterval(msgUpd, 3000);

И setInterval ее, соответственно, вызывает без аргументов.

Такой вариант из комментариев не подойдет:

setInterval(msgUpd(id), 3000);

Ибо тогда вы вызовете msgUpd единожды с аргументом id. Функция вернет undefined, который вы и передадите в качестве первого аргумента для setInterval.

Если вам нужно отправить на перезагрузку последнее значение id, поправьте ваш код:

var lastId;
function msgUpd(id) {    
    $(".comments-list").load("/getpm/"+id);
    usrto = $("#usrto").val();
    cid = $("#cid").val();
    $("#user_to").val(usrto);
    $("#conversation_id").val(cid);
    lastId = id;
}
setInterval(function() { msgUpd(lastId) }, 3000);

Внутри функции msgUpd сохраняем переданный аргумент id в переменную lastId. А для setInterval передаем аргумент function() { msgUpd(lastId) } - функция, внутри которой мы вызываем msgUpd с аргументом, в котором уже есть сохраненный последний id.