Как лучше использовать React.js?

Если требуется интегрировать некое решение на реакте (скажем модуль новостей, корзины, да что угодно) в текущий уже написанный проект, то конечно это можно сделать, хотя, пожалуй, в продакшн стоит отправить версию на preact, а не реакт, как более легковесное решение.

Если начинаете проект с нуля, то возится в jquery смысла нет. Я бы советовал взять ваш дизайн, сразу перевести его в react компоненты (без промежутчной стадии вёрстки в html), всё это дело сделать на основе storybook (да, даже лэйаут может быть презентационным реакт компонентом), и когда эта стадия пройдена - собирать проект вместе, настраивать бандлер, писать контейнеры и т.д.

Также таким образом можно разделить работу между несколькими программистам

Также советую посмотреть мой (несколько эмоциональный пост на тему реакт-jquery) Что может крутого сделать React.js чего не может jQuery