Как работает побитовый оператор XOR в JavaScript?

var sir = 11000; 
alert(sir); 
var meg = 11100; 
alert(meg); 
var tun = sir ^ meg; 
alert(tun); 
alert(tun ^ meg);

Вы записываете 2 числа в десятичной системе счисления. Операция ^(XOR) производится над битами(!), которыми представлены эти 2 числа.

Т.е.

1100010 = 101010111110002

1110010 = 101011010111002

Применив к ним операцию ^ получим следующее:

          000001101001002 = 42010

"Но конечное значение (11000), всё равно соответствует первоначальному." - это одно из свойств операции XOR: (a XOR b) XOR b = a
Это скрытые тонкости программирования так сказать. Сам в своё время долго догонял что к чему и как.