Как в jade инклюд передать вёрстку?

В вашем случае в файле navigation.jade не хватает либо объявления mixin filter, либо его подключение из внешнего файла.

Например, структура может быть следующей.

src/blocks/navigation/navigation.jade

include ../../mixins/filter
.navigation
    .container
        .navigation-row
            +filter

src/mixins/filter.jade

mixin filter
    div some text

src/pages/index.jade

include ../blocks/navigation/navigation
.other-1
    .other-2
        Example text.

Тогда при конвертации в HTML всей директории src — будет конвертироваться всё, включая mixins.

Чтобы исключить из конвертации ненужные директории: нужно либо подумать над структурой, либо явно указывать что конвертировать и/или исключить.