PHP удаление тегов кроме тех, которые находятся внутри <code></code>

для вашего упрощенного примера можно строку разделить по </?code> после чего у нечетных частей удалить тэги, а у четных оставить как было. Решение может быть вот такое, но надо еще расставить пробелы.

$txt = "вне тега<p>внутри</p><code><b>жирный</b></code><a href='#'>Ссылка</a>";
$data = preg_split("/(<\/?code>)/", $txt);
$result = "";
foreach($data as $k => $str){
    $result .= ($k % 2) ?  $str : strip_tags($str);
}
print_r($result);

Один из вариантов :

$str = 'вне <br>тега<hr /><p><b>внутри</b></p><code><b>жирный</b> <b>жирный</b></code><a href="#">Ссылка</a>';
echo parse_string($str);

function parse_string($str, $need = 'code') {
    return preg_replace_callback(
        '~<([a-z]+\d?)[^>]*>(.+?)</\1>~',
        function($m)use($need){
            return (strtolower($m[1]) != $need ? strip_tags($m[0]) : $m[2]);
        },
        preg_replace(['~<[a-z]{2,3}\s*/?>~', '~\s{2,}~'], ' ', $str) 
    );
}