Подключение js библиотек [требует правки]

Вообще, я бы посоветовал вам использовать browserify в gulp и подключать все скрипты через require. Тогда со стопроцентной вероятностью ничего путаться не будет. А сжатие я бы посоветовал осуществлять только в продакшене, а при разработке обойтись без него, т.к. это достаточно затратный процесс

можно их сжатые версии отдельно подключить независимо

Конечно можно. Только тут вопрос уже не в сборке, а как загружается страница, а именно DOM. HTML позволяет синхронные запросы, но одновременно только два. Т.е. первый файл скриптов и второй. После их полной загрузки начинается загрузка третьего и четвёртого. Поэтому лучше собирать всё в один файл. Это уменьшит время загрузки страницы, что несомненно оценит пользователь, который попал на сайт.

Надо помнить, что к таким запросам относится и подключение шрифтов, и подключение библиотеки JQuery и т.п.

Не будут ли путаться эти библиотеки в одном сжатом файле?

Да, такое возможно, потому что собираются файлы в алфавитном порядке, что не всегда правильно для результирующего файла.

Я просто использую цифровой префикс, чтобы не произошло путаницы.

010_general.sass
020_header.sass
030_content.sass
040_footer.sass

Теперь в файле style.min.css всё по порядку.