Проектировка архитектуры сайта

Подскажите, пожалуйста, какие-нибудь ресурсы с уроками по построению самой архитектуры сайта, желательно с примерами. Все ресурсы, которые я находил, дают либо слишком обобщённое представление об этой теме (например, что такое MVC, без описания, как M, V и C связаны между собой), либо освещали какие-то частные случаи и их решения.
К примеру у меня есть работающий сайт-визитка небольшого магазина и тестовая версия нового варианта(omiksagro.com/test/), который просто представляет собой прайс товаров с их описанием и картинками, которые берутся из базы данных MySQL. Фалы сайта расположены так:

КОРЕНЬ
--CONTENT       -содержит контент, который инклудится в зависимости от выбранного пункта меню
----about.php
----announce.php
----announce_ajax.php
----blog.php
----contacts.php
----products_groups.php
----products.php 
--IMAGES
--SCRIPTS
----jquery.js
--CSS        -содержит стили основного окна и стили страниц контента
----content.css
----main.css
--index.php
--main.php     -содержит основную разметку страницы, хэдер, футер, меню

Я решил сменить дизайн, добавить мобильную версию, добавить функционала. Понимаю, что такая архитектура не очень подходит для этого. Как организовать систему, чтобы её можно было легко расширять и сопровождать другим людям?