#undefined в адресной строке

this внутри функции, вызываемой при завершении анимации, указывает на элемент, для которого была вызвана анимация. В данном случае, сначала на html, затем на body.

Имеет смысл сохранить a в отдельную переменную перед вызовом анимации. Например, так: var that = this;, после чего использовать window.location.hash = that.hash;

Итоговый код (я убрал html из html, body, чтобы функция вызывалась лишь один раз):

$(document).ready(function()
{
    $(".navbar-default ul li a[href^='#']").on('click', function(e)         
    {
        e.preventDefault();
        var that = this;
        $('body').animate({
            scrollTop: $(this.hash).offset().top
        }, 400, function() {
            window.location.hash = that.hash;
        });
    });
});

Пример в fiddle.

В том, что вы пытаетесь взять значение там, где его нет:

window.location.hash = this.hash;
                       ^^^^^^^^^

this в данном контексте - просто HTML-элемент, у него нет свойства hash. Вы можете получить адрес (href) ссылки, по которой кликнули, следующим образом:

window.location.hash = $(this).attr('href');

Это создаст jQuery-обертку над текущим элементом, а затем получит атрибут href. не забудьте также заменить и более ранние вхождения.