Бэкенд java. Связь с фронтендом. Сервер

Ваш вопрос слишком общий. Для того чтобы ответить на него Вам необходимо ознакомиться с платформой Java EE. После чего Вы сами сможете ответить на ваш вопрос. Можно конечно написать развернутый ответ, рассказать про архитектуру Distributed Multitiered Applications, про технологии Java EE и т.д. Но я лучше приведу Вам ссылки:

1. Официальная документация по Java Enterprise Edition.
2. Книга Beginning Java EE 7 (есть на русском).

Для связи HTML-страниц и java-кода в разные времена использовались разные инструменты. Начиналось все с Java Servlet Technology, далее была JavaServer Pages Technology. Эти технологии уже устарели и сейчас используется JavaServer Faces Technology.

Схемы из книги Beginning Java EE 7

Структура веб-приложения

Архитектура реального веб-приложения: интернет-магазин по продаже книг, дисков

Я не спец по бэкенду так что, могу ошибаться во многом. Начнем по порядку, во первых если брать пример обычного сайта HTML + CSS, то не очень разумно писать бэкенд на java, что бы просто отдавать статические ресурсы. Должна быть какая то бизнес логика, так что можно взять к примеру интернет магазин HTML + CSS + JavaScript. На счет инструментов, есть разные подходы по написанию, но допустим мы возьмем устаревший класический стэк JavaEE - это JSP, Servlets, Filters, и вэбконтейнер Tomcat, в котором все это будет крутиться. Декомпозируем HTML в JSP. Запросы обрабатывают наши сервлеты, то есть клиент шлет запрос на главную страничку например, запрос ловит фильтр и проверяет к примеру залогинен ли пользователь и тд, отдает с результатом проверки сервлету, а сервлет на основании результата обрабатывет что то, и отдает то, что нужно. Еще некоторое общение с сервером реализуется с помощью AJAX запросов, что бы не перезагружать полность страницу.

На счет хостингов и разных клиентов, вопрос обширный, и реализация бэкенда может быть разной, в зависимости от поставленых задач. Например мобильному клиенту лучше общаться с REST сервисом, запрос-ответ в формате JSON, если это моб. приложение например. Java хостинг относительно дорогой, но есть фишки типа серверов Amazon`а, там где предоставляют по моему год бесплатного хостинга, за это время проэкт либо стрельнет либо нет=( И тебе никто не будет обьяснять схематично или как то по другому, каким образом заливать БД и Серверную часть на хостинг и тд, по этому поводу могу по рекомендовать отличную, но платную платформу по Java, там имеются уроки от начальных и до Spring, Hibernet технологий и соответственно всех вопросов, по поводу java хостинга! Это не реклама, если есть желание, то напиши maxim07070711@gmail.com, дам ссылку.

И напоследок плюсую ответ выше, что бы понять как работает вся система, нужно учить JavaEE, и все станет на свои места!