Что означает включение и выключение autocommit в Hibernate?

hibernate.connection.autocommit=true

идентично JDBC команде: Connection.setAutoCommit(true);

Означает, что каждое SQL выражение рассматривается как отдельная транзакция и после выполнения выражения автоматически закрывается транзакция вызовом commit() - то есть подтверждением, что транзакция завершилась.

Это удобно и применяется только для простых операций. Для более сложных операций автокоммит может приводить к катастрофе.

Простой пример: допустим вы делаете перевод денег с одного счета на другой - это 2 операции - списание денег с одного счета и зачисление денег на другой счет. В ситуации с автокоммитом - вы списываете деньги с одного счета и подтверждаете транзакцию, далее зачисляете деньги на второй счет и опять подтверждаете транзакцию - вроде все отлично. Однако, если в момент между снятием денег с одного счета и зачислением денег на второй счет допустим падает коннекшн или рушится сервер, то после восстановления - вы получите что денежки пропали - со счета списались, но никуда не зачислились, а деньги эт всегда серьезно.

В правильной системе вы должны делать так:

1. Начинаем транзакцию
2. Списываем деньги с одного счета
3. Зачисляем деньги на второй счет
4. Подтверждаем успешность транзакции (вызываем commit())

В таком случае, ни падение коннекта, ни обрушение сервера, ни что-то еще другое не сможет привести к фатальным последствиям.

Более подробно, например здесь