Где и как лучше рисовать спрайты для игр?

Рисовать лучше там, где вам (или художнику) удобнее. Даже в MSPaint рисуют для инди игр.

Готовые рисунки собираются вместе (в папке или упаковываются в ресурсные файлы). Для анимаций обычно связывают серию картинок в единую сущность.

В игре вам нужен способ адресации - по именам или по связкам id-имя или id-сущность.

Атлас лучше собирать программно. Вручную это может быть трудозатратно, особенно при переделках, когда спрайт увеличился на 3-4 пикселя и из-за этого "поехал" весь атлас. для адресации в атласе, вам нужно при его генерации сохранить таблицу адресов - id-x/y-высота/ширина.

Картинки обычно отрисовываются через испрользуемое API (и тут способ зависит от него), но в общем случае, они отдаются в API массивом пикселей и вы получаете обратно id по которому потом вызываете у API - отрисовать картинку с таким-то id там-то и так-то.