jar не видит стороннюю библиотеку

Есть три способа:

1. Используя командную строку java -cp missing.jar
2. Создать файл manifest.mf и в нем указать свойство class-path: missing.jar.
3. При создании jar добавить missing.jar в архив. Затем используя загрузчик классов в точке входа загрузить этот файл используя Апи. Еклипс очень хорошо умеет создавать jar с использованием загрузчика. Вам нужно посмотреть необходимую информацию о загрузчике в руководстве пользователя.