Java - чистый код на примере простого цикла

Поскольку строковые значения -d и -e имеют отношение к параметрам командной строки, т.е. к по сути к пользовательскому интерфейсу, а не непосредственно к логике программы, можно завести enum.

public enum CipherMode {
    ENCIPHER, DECIPHER;
}

Где-то у вас будет код вида:

CipherMode mode = null;
if (args.contains("-d")) { mode = DECIPHER }
if (args.contains("-e")) { mode = ENCIPHER; }
...
if (mode == null) {
    System.out.println("Не указан режим работы шифра.");
    return;
}

Дальше уже используйте этот enum:

public void scanner(EnigmaService enigma, CypherMode cipherMode){
    Scanner scan = new Scanner(System.in);
    while(scan.hasNextLine()){
        String line = scan.nextLine();
        switch(cipherMode) {
            case ENCIPHER: enigma.encipher(line); break;
            case DECIPHER: enigma.decipher(line); break;
        }
}

PS. Подчеркивания в именах в Java не приняты.