Java | Динамичные объекты

при подключении юзера вытаскивается его уникальный номер в системе и сопоставляется с тем, который отправил пользователь.

Откуда вы знаете номер пользователя, если тот который он отправил не верный? Какой ещё уникальный критерий у вас определяет пользователя?

После чего все данные (nickname, accessLevel и прочие) должны занестись в объект класса User с именем, состоящим из уникального идентификатора (для последующего обращения к этому объекту, а не осуществляя бесконечные запросы к базе данных).

Вы один раз запрашиваете БД и на основе полученных данных создаете объект User и дальше пользуетесь им.

Как это можно реализовать чтобы потом не возникало проблем с вытаскиванием содержимого объекта, изменением содержимого и удалением в случае, если юзер ушёл в оффлайн?

Если user вышел, логично удалить его объект, вы не знаете вернется он или нет. Если вернется то авторизуется заново, а вы снова достанете данные из БД.

А лучше приведите куски кода в которых у вас проблема. Объясните, что вы пытаетесь сделать и что у вас получается, в чем отличия.

Запрос к БД не такая долгая операция, если у вас не несколько миллионов записей в таблице.