Java. Печать из Excel

Обо всём по порядку.

Возможно ли эти данные распечатывать в обход файла-шаблона (задавать тексту нужные отступы и размеры шрифта)?

Да, возможно. Java поддерживает работу с принтером.

Или может есть способ эти данные вставлять в шаблон и сразу пускать на печать в фоне (чтобы пользователю не приходилось открывать измененный документ Excel каждый раз при печати)?

Как один из возможных вариантов. Создать на основе шаблона временный файл, вывести его на печать и после удалить. Apache-poi поддерживает не только чтение из Excel, но и запись.

Подробно описывать процесс не стану, т.к. он хорошо документирован. В частности есть даже подробная переводная инструкция на эту тему.

Что касается вывода на печать. Самый простой способ, вывести файл средствами Excel или какого-нибудь OpenOffice на принтер по умолчанию.

Desktop.getDesktop().print(new File(file_path));

Печать будет выполнена в фоне.

Если требуются дополнительные настройки, то здесь уже надо смотреть по ситуации.